Naim Frashëri lindi në fshatin Frashër të Vilajetit të Janinës (sot në rrethin e Përmetit). Nga i ati ishte pasardhës fisnikësh me prejardhje nga Berati që më vonë u njohën si Dulellarët, ndërsa familja e së ëmës qenë pinjoj të Iljaz bej Mirahorit.
Në vendlindje bëri mësimet fillore dhe nisi të mësonte turqishten, arabishten dhe persishten në Teqenë e Frashërit, si myhib bektashi. Pas vdekjes së prindërve, u shpërngulën në Janinë. Aty Naimi bashkë me Samiun mbaruan gjimnazin grek “Zosimea” më 1869.
Më 1871 shkoi në Stamboll, ku qëndroi vetëm tetë muaj, sepse dhembja e kraharorit e detyroi të kthehej në Janinë. Në vitet 1874-1876 punoi si drejtor dogane në Sarandë. Sëmundja e kraharorit dhe dhembjet në gjunjtë nga reumatizma, e shtrënguan të largohej nga Saranda dhe shkoi për kurim gjashtë muaj në banjat e Badenit në Perandorinë Austro-Hungareze.
Më 1878 punoi tetë muaj si drejtor të dhjetash (ashari mydiri) në Berat. Më 1882 rishkoi në Stamboll, ku punoi në fillim në detyrën e anëtarit e pastaj të Kryetarit të Komisionit të Inspektimit dhe Kontrollit dhe më vonë, të Kryetarit të Këshillit të Lartë të Arsimit dhe të Zëvendësministrit të Arsimit.
Më 14 gusht 1882, nënshkroi lejen për botimin e Gramatikës së Kristoforidhit. Pas arrestimit të vëllait Abdyl në Janinë në fund të prillit 1881, nisi të luajë një rol të rëndësishëm në veprimtarinë kombëtare të shqiptarëve të atjeshëm. Mori pjesë në punën e Komitetit Qendror për mbrojtjen e të drejtave të kombësisë shqiptare.
Naimi është autor i gjithsej njëzetedy veprave: katër në osmanishte, dy në persishte, dy në greqishte dhe pesëmbëdhjetë në shqipe.
Duke qenë se ishte në një post delikat si drejtor i Këshillit të Censurës në Ministrinë e Arsimit të Perandorisë, me mundësi në disa raste për t’i bërë bisht ndalimit të librave dhe botimeve në shqipe nga ana e Portës së Lartë, Naimi e pa të arsyeshme të mos përdorte emrin e mbiemrin në shumë nga botimet e veta, por të shënonte vetëm ‘N.H’, ‘N.H.F’, ose ‘N.F’.
Vepra e parë e Naimit qe përpilimi i një gramatike të gjuhës perse “Rregullat e persishtes sipas metodës së re më 1871, nënshkruar Mehmet Naim, nëpunës i Drejtorisë së Shtypit. Në “Zosimea” Naimi kishte mësuar gjuhën frënge, kishte kënduar mbi historinë e Francës dhe veprat e Rusoit e Volterit.
Me gjallërimin e lëvizjes kombëtare, idetë e iluminizmit francez ishin më përkuese për të shprehur ndjesitë e reja që i kishin lindur, duke hyrë tashmë në romantizmin letrar.
Më 1886 Naim Frashëri botoi poemën e tij të famshme “Bagëti e Bujqësi”, atë greqisht “Dëshira e vërtetë e shqiptarëve” dhe katër libra për shkollat: “Vjersha për mësonjtoret e para”, “E këndimit të çunavet këndonjëtoreja”, (në dy vëllime, me poezi, lexime të ndryshme, njohuri të para shkencore humanitare), si dhe një “Histori të përgjithshme”.
Më 1888 vijoi me “Dituritë” (ribotuar më 1895 me titullin “Gjithësia”, – shkenca të natyrës). Më 1890 doli përmbledhja e lirikave “Lulet e verës”, pastaj “Mësimet” (proza patriotike dhe të moralit) dhe “Fjala flutarake” (vjersha) më 1894, së fundi më 1898 poema e madhe epike “Historia e Skënderbeut” dhe poema fetare Qerbelaja.
Naim Frashëri luajti, përkrah Samiut e pas Kristoforidhit, një rol themelor për shqipen e re letrare, të cilën e shkroi me një pasuri të veçantë fjalori e sidomos frazeologjike, duke u mbështetur kryesisht në gjuhën e popullit, e shkroi të pastër dhe bëri një punë të dukshme për pasurimin e saj, duke e ngritur atë në lartësinë e një gjuhe arti të zhvilluar dhe kulture.
Ndikimi i Naim Frashëri, me gjallje të shkrimtarit dhe pas vdekjes, jo vetëm te shkrimtarët shqiptarë të kohës, por edhe të periudhës së mëvonshme, ishte i madh.