Me ardhjen e kriminelit Sllobodan Millosheviq në krye të Serbisë, shkolla shqipe në Kosovë, në veçanti Universiteti i Prishtinës, mori goditje të mëdha që çuan deri në rrezikimin serioz me përmasat e shkatërrimit të arsimit shqip.
Pushteti nacionalist serb u angazhua për ndryshimin dhe ndalimin e shollës shqipe në Kosovë. Gjendja në universitet erdhi duke u përkeqësuar, krahas gjendjes në gjithë Kosovën. Qendra Universitare nuk ishte më streha e studentëve dhe as e profesorëve shqiptarë. Sapo u mbyll semestri veror i vitit akademik 1990/91 të Universitetit të Prishtinës, më 28 qershor 1991, në ditën e Vidovdanit, (festë fetare serbe) Kuvendi i Serbisë vendosi masat e dhunshme në Universitetin e Prishtinës.
Gjatë vitit të ri akademik udhëheqësja e dhunshme, e dominuar nga kuadrot serbo-malaziase, e rritën numrin e studentëve për 923 studentë, kryesisht studentë serbë të sjellë nga viset e ndryshme të Serbisë dhe të Malit të Zi. Më 21 gusht 1991 grupi i Helsinkit në Vjenë lëshoi një deklaratë, ku konstatohej se arsimi shqiptar në Kosovë më nuk ekziston dhe se është shkatërruar nga Serbia. Porse, me fillimin e vitit 1992, synohet të gjenden mundësitë dhe format që shkolla shqipe të fillojë të jetë aktive. Më 14 shkurt 1992 Universiteti i Prishtinës njofton se më datë 17 shkurt të po këtij viti do të fillonte mësimi në nivelin universitar në shkollat shtëpi.